Vận tải Kyrgyzstan ở tình trạng kém phát triển vì kiểu địa hình đồi núi của nước này. Các con đường phải chạy ngoằn nghèo theo các thung lũng, vượt qua những con đèo có độ cao tới 3.000 mét (9.000 feet) hoặc hơn nữa, và thường bị lở đất hay lở tuyết. Đường sá vào mùa đông có thể bị đóng hoặc không thể đi lại ở nhiều vùng xa xôi và có độ cao lớn. Ngoài các vấn đề về đường bộ, các tuyến đường sắt được xây dựng thời Xô viết hiện đã bị ngăn cách bởi nhiều biên giới quốc tế, đòi hỏi thời gian hoàn thành các thủ tục cần thiết để vượt qua khi chúng còn ở tình trạng hoạt động được. Cũng cần chú ý rằng ngựa vẫn là phương tiện vận tải được lựa chọn nhiều, đặc biệt tại các vùng nông thôn và không có đường giao thông, bởi nó không phụ thuộc vào nhiên liệu nhập khẩu.

Sân bay

Cuối thời kỳ Xô viết có khoảng 50 sân bay và đường băng tại Kyrgyzstan, nhiều trong số chúng được xây dựng chủ yếu phục vụ cho các mục đích quân sự tại vùng biên giới giáp Trung Quốc này. Chỉ một vài sân bay hiện vẫn hoạt động.

• Sân bay Manas gần Bishkek là cảng hàng không quốc tế chính, với các đường bay tới Moskva, Tashkent, Dushanbe, Istanbul, Baku, và Luân Đôn.
• Sân bay Osh là cảng hàng không chính ở phía Nam, với các chuyến bay hàng ngày tới Bishkek.
• Sân bay Jalal-Abad được nối với Bishkek bởi hai chuyến bay mỗi tuần.
• Các cơ sở khác xây dựng thời Xô viết hoặc đã đóng cửa hoặc chỉ được sử dụng thỉnh thoảng hay dành riêng cho quân sự (ví dụ, căn cứ không quân Kant, hiện là căn cứ không quân của Nga gần Bishkek

Đường sắt

Thung lũng Chui ở phía bắc và thung lũng Ferghana ở phía nam là các điểm kết thúc của hệ thống đường sắt Liên bang Xô viết ở Trung Á. Sau khi các quốc gia độc lập xuất hiện thời hậu Xô viết, các tuyến đường sắt được xây dựng trước kia đã bị các biên giới hành chính cắt ngang, và vì thế ảnh hưởng nghiêm trọng tới hoạt động giao thông. Những đoạn đường sắt ngắn bên trong Kyrgyzstan, tổng cộng khoảng 370 km (khổ 1.520 mm), có ít giá trị kinh tế vì thiếu hàng hóa vận chuyển trên khoảng cách xa cũng như đi và tới các trung tâm như Tashkent, Almaty và các thành phố của Nga.

Hiện có những kế hoạch bước đầu để mở rộng các tuyến đường sắt từ Balykchy ở phía bắc và/hay từ Osh ở phía nam tới Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa, nhưng chi phí cho việc này rất lớn.

Những tuyến đường sắt nối với các quốc gia lân cận

• Kazakhstan - có - nhánh Bishkek - cùng khổ
• Uzbekistan - có - nhánh Osh - cùng khổ
• Tajikistan - không - cùng khổ
• Trung Quốc - không - khác khổ 1524mm/1435mm

Đường cao tốc

Với sự hỗ trợ của Ngân hàng phát triển châu Á, một đường chính nối từ phía bắc tới tây nam từ Bishkek tới Osh gần đây đã hoàn thành. Công trình này giúp việc liên lạc giữa hai trung tâm dân cư chính trong nước—Thung lũng Chui ở phía bắc và Thung lũng Fergana ở phía nam trở nên dễ dàng hơn rất nhiều. Một phần của con đường này vượt qua một con đèo cao 3.500 dẫn vào Thung lũng Talas ở phía tây bắc. Nhiều kế hoạch đang được đưa ra nhằm xây dựng một con đường chính từ Osh tới Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa.

Tổng cộng: 30.300 km (gồm 140 km đường cao tốc)
đường trải nhựa: 22.600 km (gồm cả một số đoạn trải sỏi)
không trải nhựa: 7.700 km (những con đường này làm bằng đất không lu và rất khó đi lại trong điều kiện thời tiết xấu) (1990)

Đường ống

Khí tự nhiên 200 km

Đường thuỷ

Các tuyến đường thủy chỉ hoạt động trên Hồ Issyk Kul, và đã thu hẹp nhiều từ sau khi Liên bang Xô viết sụp đổ.

Cảng

Balykchy (Ysyk-Kol hay Rybach'ye), trên Hồ Issyk Kul.